Der Quelltext wird durch den Programmierer mit Kommentaren versehen, in denen der Code erläutert wird. Den Erläuterungen vorangestellt werden spezielle javadoc-Tags, die definieren, welches Element der jeweilige Kommentar beschreibt. javadoc liest die Kommentare ein, wertet die Tags aus und erstellt so eine HTML-Dokumentation aus dem Quelltext.